GeneConverDetect
基因置换(Gene Conversion)检测分析流程: 基于四联子模型, 结合共线性分析、Ks 计算与 Bootstrap 检验。
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本流程包含三个 Python 脚本, 旨在从全基因组复制(WGD)或多倍体背景下, 系统性地筛选并检测基因置换(Gene Conversion)事件。
原理
流程基于四联子(Quartet)模型, 结合:
- 共线性分析;
- 同义突变率(Ks)计算;
- Bootstrap 统计检验;
从而识别出违反正常进化时钟的异常基因对。
环境与依赖
- 核心计算依赖 ClustalW 进行多序列比对(需加入 PATH);
- Python 库:
biopython,argparse。
脚本列表
| 顺序 | 脚本 | 功能 |
|---|---|---|
| 01 | 1.filterOrthogroups |
筛选直系同源组 |
| 02 | 2.calculateKs |
计算同义突变率 |
| 03 | 3.detectConversion |
Bootstrap 检验检测置换事件 |
语言: Python · 依赖: ClustalW + Biopython