学习路线

24周通用流行病学训练:96次必修与24次选修。作为博客的学习索引,任务计划与实际成果分别记录。

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W01 · 研究问题与四类研究设计

W01-S01 · 四种研究目标

把同一健康问题改写成描述、关联、预测、因果问题;拆R01范围与R02概念。

最低产出:4张问题卡+术语表

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W01-S02 · 观察性设计与时间结构

比较横断面、病例对照、队列;用模拟人群画抽样与时间轴。

最低产出:设计比较表+时间轴

尚无关联的公开记录。

W01-S03 · 随机试验与分析人群

读R34设计与R03相关条目;解释随机化、分配隐藏、盲法、ITT/PP及其不同问题。

最低产出:RCT设计卡+流程图

尚无关联的公开记录。

W01-S04 · 顶刊结构拆解与小方案

比较R34与R35的研究设计;为一个不限定疾病的问题写半页protocol。

最低产出:2篇设计卡+初版protocol

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W01-S05 · 本周拓展练习 · 选修

用R37与R34比较干预、复合结局、随访与适用人群。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W02 · 疾病频率、描述性流行病学与抽样

W02-S01 · 人、时、地与分母

读R04描述性目标;模拟不同分母,分别计算患病率、累计发病风险、发生率。

最低产出:频率指标表

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W02-S02 · Table 1与复杂抽样

用D2一个周期的少量字段练习;核对权重、分层、PSU,报告缺失。

最低产出:加权/未加权描述表

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W02-S03 · 年龄标准化与Simpson现象

读R05年龄标准化相关说明;模拟两个人群的粗率和直接标准化率。

最低产出:粗率/标化率对照图

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W02-S04 · 疾病负担与解释边界

精读R05一张主要图表;区分率、人数、DALY和不确定区间,避免把生态数据直接解释为个体因果。

最低产出:一页疾病负担解读

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W02-S05 · 本周拓展练习 · 选修

调查公开疾病负担汇总数据入口,记录下载条件;不要求重建GBD模型。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

尚无关联的公开记录。

W03 · 统计推断、效应指标与精度

W03-S01 · 概率与抽样分布

读R06统计报告要求;模拟二项比例与重复抽样,观察估计值分布。

最低产出:抽样分布图

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W03-S02 · 置信区间与bootstrap

比较比例和均值的区间;模拟覆盖率,解释区间与临床意义。

最低产出:覆盖率实验+区间图

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W03-S03 · OR、RR、RD及非可折叠性

从2×2表计算三个指标;模拟无混杂时条件与边际OR的差别,区分调整变化与混杂。

最低产出:效应指标比较表

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W03-S04 · 样本量、多重性与研究计划

结合R37预设结局阅读;指定一个主要问题,学习样本量/精度规划,不以每变量10事件当万能规则。

最低产出:精度规划说明+多重性计划

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W03-S05 · 本周拓展练习 · 选修

用R25了解外部验证的样本量问题,为W17—20做准备。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W04 · 队列、病例对照、嵌套设计与诊断研究

W04-S01 · 队列入组与随访

读R35方法;模拟纳排与失访,明确基线、结局与随访起点。

最低产出:队列流程图+变量定义

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W04-S02 · 病例对照与对照来源

模拟同一基础队列的病例对照抽样;解释为何不能直接由人为病例比例估计人群风险。

最低产出:抽样图+OR解释

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W04-S03 · 匹配与嵌套病例对照

读R07嵌套设计;模拟风险集抽样,比较条件Logistic与不匹配分析。

最低产出:匹配结构表+分析比较

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W04-S04 · 诊断准确性与应用人群

读R08;用D4演示不同阈值与患病率下的敏感度、特异度、PPV/NPV。

最低产出:诊断指标表+流程图

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W04-S05 · 本周拓展练习 · 选修

对照R03学习集群随机、交叉设计的用途;仅作设计概览。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W05 · 偏倚、DAG与混杂控制

W05-S01 · DAG与调整集

结合R09和R20画混杂、中介、collider结构;用dagitty检查调整集。

最低产出:3张DAG+调整依据

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W05-S02 · collider与选择偏倚模拟

模拟进入研究或就医由两个原因共同影响;比较选择前后关联。

最低产出:偏倚模拟图

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W05-S03 · 信息偏倚与逆向因果

模拟暴露分类错误;读R35敏感性分析,解释排除早期事件能检查什么、不能证明什么。

最低产出:误分类实验+偏倚表

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W05-S04 · 传统分层与标准化调整

比较粗估计、分层估计与标准化结果;用DAG决定是否调整,说明设计假设。

最低产出:调整比较表+批评笔记

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W05-S05 · 本周拓展练习 · 选修

用R02审查本周方案的内部与外部有效性。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W06 · 回归、连续变量与剂量反应

W06-S01 · 线性回归与诊断

用D1连续结局练习;检查残差、极端点、函数形式,读R06效应报告。

最低产出:诊断图+回归表

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W06-S02 · Logistic与Poisson回归

比较二分类、计数和人时率模型;用模拟数据演示offset、过度离散、稳健方差。

最低产出:模型适用条件表

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W06-S03 · 样条与分类损失

读R10、R35剂量反应图;比较线性、分组、RCS,预设结点并显示数据分布。

最低产出:曲线+95%CI+rug

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W06-S04 · 模型解释与敏感性

改变函数形式而非追求显著性;解释模型系数与标准化风险,记录影响点和尾部不确定性。

最低产出:可复现回归小报告

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W06-S05 · 本周拓展练习 · 选修

对照R36阅读经典风险模型中的非线性和交互;不照搬变量。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W07 · 缺失数据与测量质量

W07-S01 · 缺失机制与可识别性

精读R11概念部分;生成三种缺失机制,说明MAR不能仅靠数据检验确认。

最低产出:缺失机制图

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W07-S02 · 完整案例与插补流程

用mice建立与分析模型相容的插补方案;核对变量类型、结局和辅助变量。

最低产出:插补方案+缺失表

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W07-S03 · 多重插补合并与诊断

检查链和分布,合并估计与方差;比较完整案例,并记录适用假设。

最低产出:合并结果+诊断图

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W07-S04 · MNAR敏感性与误差

做一个简单delta敏感性实验或误分类实验;解释哪个假设在变化。

最低产出:敏感性图+博客草稿

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W07-S05 · 本周拓展练习 · 选修

预习预测场景的插补流程,所有拟合步骤需位于训练内。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W08 · 重复测量、聚类与效应修饰

W08-S01 · 重复观察与独立性

读R12;用D3或模拟数据比较把所有行当独立样本与按患者建模。

最低产出:患者轨迹图+错误分析对照

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W08-S02 · GEE与混合效应模型

练习一个GEE和一个随机截距模型;解释边际/条件参数,不能直接互换系数。

最低产出:模型比较+解释

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W08-S03 · 效应修饰与交互尺度

读R13;对二元暴露与分组变量报告联合类别、加法与乘法尺度,核查适用公式。

最低产出:交互表+联合效应图

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W08-S04 · 纵向小报告与中介边界

整理重复测量结果;读R14,说明中介分析为何需要额外假设。

最低产出:纵向报告+中介DAG

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W08-S05 · 本周拓展练习 · 选修

仅用模拟数据演示简单中介,不据此声称发现机制。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W09 · 生存分析基础与Cox

W09-S01 · 时间、事件与删失

核对D3编码、单位、时间零点;绘制KM与风险集人数表,读R34生存图。

最低产出:KM+数据字典

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W09-S02 · Cox与HR解释

拟合粗模型和预设调整模型;读R35对应分析,解释HR不是累计风险比。

最低产出:Cox表+解释段落

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W09-S03 · PH检验与绝对效应

做PH诊断;结合R15思考非PH情形,计算固定时间风险或RMST课堂练习。

最低产出:诊断图+绝对效应

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W09-S04 · Cox样条与敏感性

预设一个连续变量做RCS;比较函数形式、完整案例/插补处理,写生存小报告。

最低产出:生存分析报告

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W09-S05 · 本周拓展练习 · 选修

读R34的勘误与R34最终报告,记录版本变化及其分析影响。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W10 · 竞争风险、时变变量与动态预测

W10-S01 · 竞争事件与累积发生函数

读R16;用pbc区分死亡、移植、删失,比较目标事件1-KM与CIF。

最低产出:KM/CIF对照图

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W10-S02 · Cause-specific Cox与Fine–Gray

拟合两类模型并解释不同目标;不将SHR直接解释为风险比。

最低产出:两类模型解释表

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W10-S03 · 时变协变量与不死时间

生成start-stop结构;模拟把未来暴露错误算成基线暴露的偏倚。

最低产出:时间轴+偏倚比较

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W10-S04 · Landmark与动态预测

用D3定义landmark、观察窗、预测窗;排除landmark之前事件,避免使用未来测量。

最低产出:动态预测数据方案

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W10-S05 · 本周拓展练习 · 选修

学习多状态模型的基本状态图,暂不要求复杂拟合。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W11 · 系统综述与Meta分析基础

W11-S01 · 问题与检索策略

读R17适用范围;围绕一个通用方法问题制定PICO/PECO、检索式和纳排标准。

最低产出:可重复检索式

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W11-S02 · 筛选与数据提取

小规模检索并记录真实数量;从3—5篇可获取论文提取一致尺度,不称完整系统综述。

最低产出:筛选日志+提取表

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W11-S03 · 合并效应与异质性

用D5教学效应表拟合固定/随机效应;报告tau²、I²及适用时的预测区间。

最低产出:森林图+模型比较

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W11-S04 · 偏倚与证据解释

讨论少研究时漏斗图限制;区分PRISMA报告和偏倚评估,写证据综合练习。

最低产出:练习报告+PRISMA流程

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W11-S05 · 本周拓展练习 · 选修

选择一篇医学顶刊系统综述,由单次检索按兴趣补充,检查其检索和偏倚工具。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W12 · 传统流行病学综合项目

W12-S01 · 方案与数据冻结

用已熟悉的数据写分析计划;指定一个主要暴露/结局、时间结构和调整依据。

最低产出:protocol v1+纳排图

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W12-S02 · 主要分析

执行预设描述、回归或生存分析;记录样本流失、缺失与编码检查。

最低产出:Table 1+主要结果

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W12-S03 · 针对性敏感性分析

选2—3项对应明确假设的分析;避免机械增加亚组和模型。

最低产出:敏感性表+偏倚说明

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W12-S04 · 完整报告与同行检查

按STROBE适用条目写2000字左右练习报告,核对文字、表图和代码一致。

最低产出:项目A+博客专题

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W12-S05 · 本周拓展练习 · 选修

请导师/同门检查问题、调整集与结论用词;记录修订。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W13 · 潜在结局、因果estimand与识别

W13-S01 · 反事实与estimand

读R02/R20,写出目标人群、策略、结局、时限、对比和效应尺度。

最低产出:estimand规格表

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W13-S02 · 识别假设与DAG

用D0设置混杂和未测量因素,解释数据分析不能自动验证哪些假设。

最低产出:识别假设清单

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W13-S03 · ATE、ATT、ATO

为同一问题分别定义三个目标;模拟不同目标人群并比较真值。

最低产出:人群/效应对照图

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W13-S04 · 标准化与G-computation预习

以正确设定的简单模型计算干预下标准化结局,解释预测模型如何服务因果问题。

最低产出:标准化估计+解释

尚无关联的公开记录。

W13-S05 · 本周拓展练习 · 选修

用R37作为理想随机试验参照,讨论观察数据需要补足什么。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W14 · 倾向评分、匹配和加权

W14-S01 · PS模型与混杂集

读R18;按DAG确定变量,拟合PS,检查共同支持而非用AUC选PS模型。

最低产出:PS分布+变量依据

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W14-S02 · Matching与平衡

实施一个匹配方案,记录丢失样本与目标变化;生成SMD/Love plot。

最低产出:匹配流程+平衡图

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W14-S03 · IPTW与Overlap weighting

计算稳定权重、OW与ESS;区分ATE/ATO,不将不同目标估计混成方法排名。

最低产出:权重/ESS表

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W14-S04 · 效应估计与方差

使用与估计器匹配的方差方法;诊断不足时修改设计或限定目标,避免只截尾掩盖问题。

最低产出:因果小报告

尚无关联的公开记录。

W14-S05 · 本周拓展练习 · 选修

对照R02讨论加权后的目标人群与结果可推广性。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W15 · G-computation、AIPW与稳健估计

W15-S01 · Outcome regression与标准化

读R19模型框架;在D0上实现G-computation并与真值比较。

最低产出:标准化估计表

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W15-S02 · AIPW公式与代码

先用无删失二元或连续结局实现AIPW;不直接套用到删失生存结局。

最低产出:手写实现+公式解释

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W15-S03 · 双重稳健模拟

分别设两个模型正确/错误的四种情形,重复模拟比较偏倚和覆盖率。

最低产出:四情形结果图

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W15-S04 · Cross-fitting与方法取舍

实现简单cross-fitting;比较回归、IPTW、G-computation、AIPW,确认同一estimand。

最低产出:估计器对照报告

尚无关联的公开记录。

W15-S05 · 本周拓展练习 · 选修

了解TMLE步骤与目标参数,不要求一周内掌握全部理论。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W16 · 目标试验模拟与纵向因果思路

W16-S01 · 先写目标试验

读R20/R21;指定资格、策略、分配、随访、结局、estimand和分析。

最低产出:目标试验表

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W16-S02 · 映射到观察数据

核查实际能测到的时间、治疗、混杂和结局;读R07,记录无法映射的组件。

最低产出:数据映射表+时间轴

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W16-S03 · 时变混杂与IPCW概览

用D0画治疗—混杂反馈;演示普通时变调整与g-methods思路,说明删失权重用途。

最低产出:纵向DAG+简化模拟

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W16-S04 · 可行性与报告

选择可执行的基线策略分析;持续策略不足则报告限制,不能用标题替代设计。

最低产出:项目B+TARGET检查

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W16-S05 · 本周拓展练习 · 选修

clone–censor–weight只做原理阅读;需相应数据和假设后再实践。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

尚无关联的公开记录。

W17 · 预测研究设计、样本量与正则化

W17-S01 · 诊断/预后与使用场景

读R22/R36;明确谁、何时、预测什么、用于什么决策,列出预测时点可用变量。

最低产出:预测protocol

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W17-S02 · 样本量与内部验证设计

读R25;根据结局、参数复杂度和精度规划,不在小样本机械切成三份。

最低产出:验证方案+样本量思路

尚无关联的公开记录。

W17-S03 · Ridge、LASSO与Elastic Net

在固定的训练流程内做预处理、调参和选择,保留未参与决策的测试数据。

最低产出:正则化曲线+基线

尚无关联的公开记录。

W17-S04 · 嵌套重采样与乐观偏倚

比较错误的全数据筛选与正确的嵌套流程;记录患者/研究层级分组。

最低产出:泄漏演示+流程图

尚无关联的公开记录。

W17-S05 · 本周拓展练习 · 选修

按R26记录预测研究报告条目,列出仍缺的信息。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

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W18 · 树模型、模型比较与解释

W18-S01 · RF与XGBoost

在相同数据和信息集上比较Logistic/Cox基线、RF和XGBoost,保持调参预算可比。

最低产出:模型比较初表

尚无关联的公开记录。

W18-S02 · 公平调参与学习曲线

读R28模型选择和验证设计;只在训练中调参,画样本量/性能学习曲线。

最低产出:调参记录+学习曲线

尚无关联的公开记录。

W18-S03 · 特征重要性与SHAP

阅读R28解释相关部分;比较相关特征导致的重要性不稳定,限定为模型行为解释。

最低产出:解释图+限制

尚无关联的公开记录。

W18-S04 · 消融与增量价值

比较临床变量、扩展变量及联合模型;不因AUROC最高直接判定临床最好。

最低产出:消融表+方法批评

尚无关联的公开记录。

W18-S05 · 本周拓展练习 · 选修

用R27对一篇自选ML医学论文做偏倚评价。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

尚无关联的公开记录。

W19 · 区分度、校准、净获益与不确定性

W19-S01 · 区分度与置信区间

计算AUROC、适用时AUPRC及不确定性;按患者层级重采样,不重复使用测试集调模型。

最低产出:ROC/PR+区间

尚无关联的公开记录。

W19-S02 · 校准与Brier

评估校准曲线、截距、斜率与Brier;理解病例对照抽样对概率校准的影响。

最低产出:校准图+性能表

尚无关联的公开记录。

W19-S03 · 决策阈值与DCA

读R24相关评价;从使用场景指定合理阈值,检查适用人群与事件率后解释净获益。

最低产出:DCA或不适用说明

尚无关联的公开记录。

W19-S04 · 报告与风险评价

分别用R26做报告核查、R27做偏倚评价;整理模型局限和适用范围。

最低产出:完整评价报告

尚无关联的公开记录。

W19-S05 · 本周拓展练习 · 选修

recalibration只在独立更新数据或规定验证流程中拟合,不在最终测试上优化后冒称原模型性能。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

尚无关联的公开记录。

W20 · 生存预测、外部验证与迁移

W20-S01 · 生存预测基线与ML

在D3上比较Cox、惩罚Cox与RSF;所有预处理在重采样内,样本小则作为教学比较。

最低产出:固定时点预测表

尚无关联的公开记录。

W20-S02 · 删失调整的性能

选择合适C-index、时间依赖AUC/Brier与校准;检查删失支持和评价时间窗。

最低产出:生存性能图

尚无关联的公开记录。

W20-S03 · 时间/地区/机构验证

读R28独立验证与R36队列划分;有数据才外部验证,随机切分不能称为外部验证。

最低产出:验证矩阵+泛化报告

尚无关联的公开记录。

W20-S04 · 项目整合与深度复现选文

完成项目C;按权限、代码、结局、算力筛出W23复现论文,立即检查数据下载。

最低产出:项目C+复现可行性卡

尚无关联的公开记录。

W20-S05 · 本周拓展练习 · 选修

读R32或R33设计与数据声明,也可选完全不同疾病的同等可复现论文。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

尚无关联的公开记录。

W21 · 因果机器学习与异质性

W21-S01 · ML估计nuisance与正交化

读R29核心思路;在已知真值模拟中比较普通回归、AIPW和简化DML。

最低产出:偏倚比较+原理图

尚无关联的公开记录。

W21-S02 · CATE与S/T/X-learner

读R30;生成异质效应,选S/T两种learner,比较估计与真实CATE。

最低产出:真值/估计CATE图

尚无关联的公开记录。

W21-S03 · Causal forest与独立评价

学习honesty、cross-fitting和HTE校准;亚组效应评价避免同一结果反复选组。

最低产出:HTE探索报告

尚无关联的公开记录。

W21-S04 · 顶刊更正与结论边界

读R38及2025更正;解释out-of-bag错误为什么影响评价;区分预后因素与效应修饰因素。

最低产出:更正阅读卡+方法限制

尚无关联的公开记录。

W21-S05 · 本周拓展练习 · 选修

阅读PATH或R30案例,讨论能否支持个体治疗决策;不把CATE当个人效应真值。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

尚无关联的公开记录。

W22 · 纵向EHR与深度学习增量价值

W22-S01 · EHR结构与时间窗

读R31设计;用D6或模拟表构建patient/visit/lab结构,区分观察窗、预测窗和结局。

最低产出:EHR数据方案

尚无关联的公开记录。

W22-S02 · 患者划分与观察过程

演示按visit随机划分的泄漏;明确不规则测量与missingness,按患者/时间评价。

最低产出:划分对照+缺失说明

尚无关联的公开记录。

W22-S03 · 简单神经网络与基线

在D0或D3完成Logistic/树模型与一个小MLP比较;样本不足不训练大模型。

最低产出:训练曲线+比较表

尚无关联的公开记录。

W22-S04 · 序列模型与价值判断

理解mask、padding、time embedding及LSTM/Transformer;默认仅概念,条件充分才做小序列模型。

最低产出:架构图+增量价值批评

尚无关联的公开记录。

W22-S05 · 本周拓展练习 · 选修

有完整授权EHR且样本量适当时才训练LSTM;Transformer与基础模型预训练放后续。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

尚无关联的公开记录。

W23 · 高水平论文核心分析复现

W23-S01 · 复现范围与环境固定

明确原数据/替代数据,选定一个主要表图;核对原文、补充、版本、勘误和样本重叠。

最低产出:复现protocol+环境记录

尚无关联的公开记录。

W23-S02 · 队列与数据处理复现

核对ID、样本数、结局、纳排、缺失、特征和时间;差异要记录而非强行对齐。

最低产出:样本流图+差异日志

尚无关联的公开记录。

W23-S03 · 主要模型与表图

执行原文核心分析;记录模型参数、随机种子和运行状态;未运行则不写数字。

最低产出:核心表图+可运行代码

尚无关联的公开记录。

W23-S04 · 误差来源与批评

比较原文与本次结果;区分软件、样本、变量和方法差异,提出需验证的扩展。

最低产出:复现报告+扩展清单

尚无关联的公开记录。

W23-S05 · 本周拓展练习 · 选修

若下载/处理延迟,减少图表数量;仍明确为方法练习或部分复现,不声称完整复现。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

尚无关联的公开记录。

W24 · 验证、论文写作与原创方案

W24-S01 · 针对性稳健性与验证

执行2项检查明确假设的分析;预测项目保护独立测试数据,因果项目保持estimand一致。

最低产出:敏感性结果+解释

尚无关联的公开记录。

W24-S02 · 研究报告与补充材料

按适用报告规范写Methods/Results/Discussion,标明教学、复现、独立验证或探索性质。

最低产出:报告+补充材料

尚无关联的公开记录。

W24-S03 · 博客与复现发布检查

对照模板整理教程;去掉个体数据和未经许可复制的原图,保留来源、代码、版本和限制。

最低产出:博客Markdown+复现README

尚无关联的公开记录。

W24-S04 · 原创课题与下一阶段计划

做小型专题检索,写问题、差异、数据、验证、关键假设和止损标准,交导师讨论。

最低产出:原创protocol+未来12周任务

尚无关联的公开记录。

W24-S05 · 本周拓展练习 · 选修

把同行反馈写入修订日志;不以显著性或高AUC替代研究贡献。 文献沿用本周锚点;需要新增论文时当次检索并核验。

最低产出:选修学习记录与未解决问题

尚无关联的公开记录。